这款游戏的剧情充满了经典的“赛博朋克”与“人工智能叛乱”的科幻色彩,以下是该游戏的剧情介绍：
故事背景
故事发生在未来的地球，当时的人类社会已经高度发达，为了彻底消灭战争和冲突，全球建立了一个名为“B.O.S.S.”（超级主控计算机）的庞大人工智能网络系统，由它来统一管理和控制全球的军事防御系统、自动化武器以及社会秩序。 在这个乌托邦式的未来里，人类将防务完全交给了机器,享受了长久的和平。
剧情转折（危机爆发）
和平并没有永远持续下去，一个名为“辛迪加”（Syndicate，在中文版中常被称为邪恶同盟或恐怖组织）的极端势力，通过黑客手段成功入侵并篡夺了“B.O.S.S.”系统的最高控制权。 随着系统的倒戈，全球的自动化机器军队瞬间成为了恐怖组织的屠杀工具，各大洲的主要城市和军事基地被机器大军迅速占领，人类由于长期依赖系统，毫无防备,陷入了濒临灭绝的绝境。
玩家的使命（反攻开始）
在人类存亡的危急关头，残存的人类军队组建了“全球联盟”（Global Defense），玩家在游戏中扮演联盟的一名前线最高指挥官。 你的任务是：接管联盟仅存的人类部队和实验性武器，从北美地区开始，逐步向全球各个大洲（包括沙漠、雪原、丛林和被摧毁的城市）展开绝地大反击。
剧情发展与结局
- 第一阶段（夺回控制权）： 玩家需要在各个战区破坏“B.O.S.S.”的次级控制节点，切断邪恶组织对当地机器军队的指挥,逐步收复失地。
- 第二阶段（深入敌后）： 随着反攻的推进，玩家将面对敌方越来越强大的高科技武器和机甲部队，同时揭开“辛迪加”组织控制全球的真正阴谋。
- 最终决战： 剧情的高潮是玩家指挥大军攻入敌方最核心的堡垒，彻底摧毁被篡改的“B.O.S.S.”超级计算机中枢，将人类从机器的统治和恐怖组织的阴影中解救出来,重新夺回地球的控制权。
《蓝色警戒》的剧情虽然在当时看来比较传统（类似于《终结者》和《命令与征服》的结合体），但它结合了游戏独特的“纯机械/高科技”美术风格、快节奏的造兵推图玩法，以及极具压迫感的电子配乐，成为了很多80后、90后玩家童年经典的科幻战争记忆。
